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Sakura Kinomoto est une petite fille de dix ans menant une vie tout à fait normale. Mais un jour, elle est attirée par un bruit dans la bibliothèque de son père, en cherchant l'origine du son, elle trouve un mystérieux livre "Le livre de Clow", qu'elle ouvre par accident. Elle laisse alors s'échapper accidentellement toutes les Cartes de clow qui s'y trouvaient. Par sa capacité à ouvrir le sceau du livre, Sakura découvre qu'elle possède des pouvoirs spéciaux et il est de sa responsabilité de récupérer les cartes dispersées. Elle devient donc la Chasseuse de Cartes (Card Captor).

Sa tâche consiste à retrouver chaque carte, à battre sa personnification, à la capturer et à la marquer de son nom afin de pouvoir la soumettre. Elle est secondée par Kérobéro (ou Kero ), le gardien du sceau qui devait protéger les cartes, mais qui s'était endormi lorsque Sakura a ouvert le livre de Clow (Il faisait une petite "sieste" de 30 ans). Kero, qui ressemble à un jouet en peluche dans la majeure partie de la série (sa forme "empruntée"), guide Sakura et lui apprends, dans le premier épisode, comment se servir de la clé du sceau qui lui permet de se battre et de capturer les cartes de Clow.

Les six premiers volumes du manga, ainsi que les deux premières saison de la série animée sont focalisées sur la recherche et la capture des cartes perdues par Sakura. Kerobero devient son guide et mentor au cours de cette quête, tandis que sa meilleure amie Tomoyo Daidouji (qui est aussi une cousine éloignée) dessine tous ses costumes de chasseuse de cartes et filme ses aventures. Sakura est en compétition pour la capture des cartes avec Shaolan Li, le descendant du créateur des Cartes de Clow, Clow Leed.

La dernière moitié du cycle des cartes de Clow se termine avec "le jugement final", dans lequel Yue juge si celui ou celle choisi par Kerobero est digne de devenir le nouveau maître des cartes.

* Cardcaptor Sakura: le film (劇場版カードキャプターさくら, Gekijōban Kādokyaputā Sakura?)

Le film se déroule à la fin de la première saison, entre l'épisode 35 et 36. Suite à une loterie organisée dans son quartier, Sakura gagne un voyage à Hong Kong pour 4 personnes. Accompagnée de Kero, Tiffany, Thomas et Mathieu, elle s'envole vers la grande ville chinoise où elle rencontre Shaolan et sa cousine Stéphanie. Pendant sa visite de la ville, elle est assaillie de visions et doit faire face à Madoushi, une sorcière ayant jadis été rejetée par Clow Leed.

* Cycle des cartes de Sakura (さくらカード編, Sakura Kādo-hen?)

Les derniers six volumes du manga et la troisième saison de la série animée introduisent plusieurs nouveaux personnages, dont l'énigmatique Eriol Hiiragizawa. Sakura étant devenue la nouvelle maitresse des cartes de Clow, elle doit les transformer avec sa propre magie en cartes de Sakura. En même temps, d'étranges évènements se produisent à Tomoeda, ce qui inquiète et rajoute de la pression à Sakura. Entre-temps, Shaolan est tombé amoureux de Sakura et tente de lui avouer ses sentiments.

* Cardcaptor Sakura le film 2: la carte scellée (劇場版カードキャプターさくら 封印されたカード, Gekijōban Kādokyaputā Sakura: Fūin Sareta Kādo?)

Survenant après la fin de la troisième saison, le second film apporte une conclusion à la relation entre Sakura et Shaolan, question qui avait été laissée en suspens dans le dernier épisode de la série télévisée. Comme le premier film, ce film ne suit pas tous les événements décrits dans le manga et conclue donc la série d'une manière différente. Shaolan a déjà avoué ses sentiments à Sakura, mais elle ne lui a pas encore répondu. Lors d'une fête, Sakura et Tiffany rencontrent Shaolan et Meiling. Sakura, n'ayant pu déclarer sa flamme à Shaolan après plusieurs tentatives ayant échouées à chaque fois. Pendant ce temps, sans que Sakura s'en aperçoive, les Cartes de Clow disparaissent une à une, aspirées par la Carte scellée,celle du vide, la dernière carte que Sakura n'a pas capturée. Cette carte a une force égale à toutes les autres Cartes de Clow. Clow Reed l' a crée pour répondre à la loi du yin et du yang, toutes les cartes sont chargées d'un pouvoir positif sauf celle-ci, qui est chargée de maintenir l'équilibre. Cette carte a aussi le pouvoir de faire disparaître toutes choses ayant un rapport avec Sakura : des objets ou même des personnes.